پس از شروع جنبش آزادیخواهی در ایران باقرخان نیز با تمام آگاهی از اهداف انقلاب وبا رشادت و صداقت در آن شرکت نمود. با وجود حاکمان قدرتمند و شناخته شده ای چون عظیم السلطنه سردار(باباخان) ، جمشیدخان مجد السلطنه افشارفرمانده افواج اورمیه  وحسین خان جهانگیری فرزند بیگلربیگی جهانگیرخان حاکم اورمیه و دهها نفر از این قبیلافراد، باقرخان به خاطر رشادت و لیاقت به ریاست انجمن ولایتی اورمیه و حتی مدتی به ریاست نظمیه شهر انتخاب می گردد.

مشروطه خواهان تبریز با قیام مردمی استبداد صغیر را شکست داده وانقلاب را دوباره جانی تازه بخشیدند درهمان موقع بود محمد امین رسول زاده یکی از رجال برجسته آنروز آذربایجان در سفری به اورمیه آمده وبا باقرخان دیدارو از نزدیک با او آشنا می شود. او در کتاب خود با عنوان «گزارشهایی از انقلاب مشروطیت ایران» چنین می گوید«افرادی که صفوف فدائیان را پر کرده، جان نثاری می کنند، کلا مسلمان هستند. در حال حاضر در حدود صدوپنجاه نفر فدایی مسلح به تفنگهای ورندیل کار نظم در شهر را به عهده دارند. اینان تحت ریاست فدایی باشی معروف، مشهدی باقر، هستند. مشهدی باقر وظیفه ریاست پلیس شهر را نیز به عهده دارد.تمام مردم ارومی به سلیم النفس بودن مشهدی باقر شهادت می دهند. . . . همه از این آدم به نیکی یاد می کنند. به یک نفر اورمیه ای برخورد نکردم که از وی شکایتی داشته باشد همه به یک زبان می گویند که مشهدی باقر آدم خوبی است،آدم نجیبی است.. . . افسوس که این آدم بیسواد است و عوام. اگر چه این بی سواد و عوامی به اعتراف خودشان تاثیر خود را در فهم و درک مسائل سیاسی او نشان می دهد، اما در پرتو استعداد و رفتارش با فدائیان از بالاترین لیاقت برخورداراست.»محمد امین رسول زاده

 باقرخان مجاهدی خستگی ناپذیر بود و در راه تامین امنیت شهر و منطقه غرب آذربایجان از سولدوز گرفته تا ماکو و شبستر تفنگ بردوش برروی اسب با یار شفیقش مشهدی اسماعیل افشار پاسداری می داد. اما این آزادیخواهی و حریت طلبی زمان درازی طول نکشید در اوایل بهمن سال 1290.ش اوضاع دگرگون شد روس تزاری به بهانه تامین امنیت کنسولگری و اطباع خود در تبریز با در خواست  محمد علی شاه و چراغ سبز دول استعمارگر چون انگلیس بی مقدمه اقدام به حمله ایران کرد تبریزو به دنبالش دیگر شهرهای آذربایجان را اشغال کرد.

 زمانیکه چنگال اشغالگر روس با همیاری عناصر وابسته به آن آخرین سنگرهای آزادی را در هم می شکست هر روز فرزندان بیشماری از این ملت آزادیخواه را به بالای دار کشیده ویا برای وحشت بیشتر آنها را دوشقه کرده از دروازه های شهر ها می آویخت. عفریت مرگ بربالای سر گردان دلاور آذربایجان سایه گسترده بود در آن لحظات غم انگیز و خوفناک هنوزوجود مجاهدان دلیر اورمیه به مردم امید می داد که هنوز مبارزه به پایان نرسیده است.

هرچند مبارزه در تبریز به ظاهر سرکوب شده بود و خبرهای درستی نیز از آنجا به اورمیه نمی رسید.

 در خوی نیز وضعیت خوب نبود. به علت فشاری که ماکوئیان و اکراد غارتگر به خوی می آوردند وضع نگران کننده داشت حیدرخان عمواوغلو با یاری مردم شهرخوی با تمام توان در قلعه شهر مقاومت می کرد. ارتباط تلگرافی اورمیه با دیگر شهرها توسط اشرار قطع شده بود واز طریق زمینی نیز به علت ناامنی شدید هیچ گونه ارتباطی با هیچ جایی ممکن نبود. در همین اوضاع نیز باقرخان به یاری دوستان خود چون اسماعیل افشار و میرزا محمود سلماسی به یاری خوی می شتابند و شهر را از محاصره ماکوئیان و اکراد آزاد می کنند.همچنین میرزا محمد معروف به «حاجی پیشنماز قره باغی» حفظ حراست سلماس را بر عهده داشت.

جمع کثیری از مجاهدان تبریز را روسها و صمدخان شجاع الدوله به دار آویخته، و تعدادی نیز پس از جنگ مقابله  چهار روزه به رهبری امیر حسمت نیساری، با وارد کردن ضربات مهلک بر پیکر قوای روس تزاری ، برای نجات جان خویش شهر را به مقصد نامعلومی ترک می کنند تا با ایجاد سنگر مناسب دوباره بر دشمن بتازند.

مجاهدان غیوری چون امیر حشمت ،نوراله خان یکانی، اسماعیل یکانی، اسماعیل امیر خیزی، جهانگیر میرزای بدل آبادی، اسدآقا فشنگچی با جمع کثیری از یارانشان از راه شرفخانه به سمت خوی و سلماس عقب نشینی می کنند.

و از آنجا سعی می کنند به هر شکلی مجاهدان اورمیه را از واقعه خبر دار نمایند. درآن موقع حاکم شهر اورمیه اجلا الملک بود و اونیز از مشروطه خواهان بود لذا بهر امکانی مجاهدان را از این خطر هولنانک مطلع می کند با اشغال شهر توسط قوای روس تا مجاهدان بجنبند

در هفدهم دي 1290.ش  مجاهدان مشروطه خواه اورمیه  همگی دستگیر می شوند. ازجمله آنان سردسته مجاهدان باقرخان رئیس.

باقرخان می دانست که اگر دست روسها به اوبرسد اورا زنده نخواهند گذاشت لذا به هر شکلی بوده از اسارت جان جان خود رهانیده و خود را به شهبندری عثمانی می رساند به کمک سپاهیان عثمانی از دستگیری مجدد رهایی می یابد. پس از اینکه آب از آسیاب می افتد باقرخان به دهات اطراف رفته و برای خود زندگی مخفی می گزیند و سالها بدور از چشم مردم در خفی زندگی می کند و بعدها به شهر آمده در نزدیکی (گول اوستو) حد فاصل بین پنجراه و خیابان حافظ و میدان امام حسین امروزی خانه ای ساخته و اطرافش را باغی احداث می کند که به( باقرخان مولکو) معروف بوده است و تا سال 1318.ش در آنجا زندگی می کند. و در همانجا نیز غریبانه فوت می کند و در قبرستان عسگرخان دفن می گردد. باقرخان پس از صدور شناسنامه در ایران، اونیز نام خانوادگی «وطن پرور» را برای خود بر می گزیند. از باقرخان دوپسر برجای می ماند بنامهای علیخان و حاجی اصغرخان.

علیخان فقط به خرج کردن دارایی های ارثی از پدر مشغول شده و خوشگذرانی می کند و پس از مدتها به افلاس  نشسته و در خیابانها می ماند ولی برادر کوچکش حاجی خان به تهران کوچ کرده و برادر بزرگش را نیز با خود برده ودرتهران مسافرخانه ای ایجاد کرده به کارو زندگی مشغول می شود.